Le port naturel de Cork fait partie d’un réseau de baies abritées comprenant plusieurs estuaires. Le site est constitué de quatre zones intertidales distinctes de vase et de sable. Le régime des marées est complexe, car les vasières s’inondent et se vident rapidement au lieu de suivre un cycle normal de douze heures. Ces habitats accueillent régulièrement 20 000 oiseaux aquatiques hivernants, ce qui en fait l’un des cinq principaux sites d’oiseaux aquatiques en Irlande. Plus d’un pour cent de la population régionale de barges à queue noire (Limosa limosa) peut s’y trouver. Le site est une aire d’alimentation et de repos pour le fuligule milouin (Aythya ferina) et le grèbe esclavon (Podiceps auritus) qui sont des espèces vulnérables. La pollution est l’une des principales menaces : le port naturel de Cork est un port maritime important et le quartier général de la marine irlandaise ; des industries pharmaceutiques, électrochimiques et pétrochimiques sont installées sur l’estran, ce qui en fait l’estuaire le plus industrialisé d’Irlande. Il est prévu d’améliorer les réseaux d’eaux usées dans la partie inférieure du port pour améliorer la qualité de l’eau.