Cuenca del Lago de Yojoa comprend le seul lac d’origine volcanique du Honduras. En 2021, le Honduras a agrandi la superficie du site, de 43 640 à 44 253,94 hectares. Le site se compose de 16 écosystèmes qui servent de refuge à une grande diversité d’espèces aquatiques et terrestres, notamment 55 % des oiseaux, 44,2 % des amphibiens et 43,6 % des reptiles présents dans le pays. Bassin hydrographique protégé dans la législation, le site offre un abri et un habitat à des espèces qui figurent sur la Liste rouge de l’UICN comme la salamandre Dendrotriton sanctibarbarus et la grenouille Plectrohyla guatemalensis, toutes deux En danger critique d’extinction. On y trouve aussi des espèces vulnérables comme l’atèle de Geoffroy (Ateles geoffroyi) et l’ariane de Lucy (Amazilia luciae), un colibri endémique. Les principales menaces sont le déboisement, l’élevage extensif, l’avancée de la frontière agricole et l’introduction d’espèces exotiques.