Laguna de Olomega se compose d’une lagune, plus grande masse d’eau douce naturelle de l’est d’El Salvador, et de deux îlots, ainsi que d’une mangrove, de marécages et de vestiges de forêt tropicale sèche. Ses écosystèmes abritent une communauté diverse d’espèces comprenant plus de 100 espèces de plantes décrites, notamment 37 espèces de plantes aquatiques et des espèces vulnérables comme l’acajou amer (Cedrela odorata), l’acajou à grandes feuilles (Swietenia macrophylla) et Bravaisia integerrima, un arbre de la famille Acanthus considéré comme en danger au plan national. Du point de vue de la faune, 127 espèces d’oiseaux, 56 espèces de mammifères, 17 espèces de reptiles, 13 espèces de poissons et cinq espèces d’amphibiens ont été recensées, notamment des espèces vulnérables comme le tcrocodile d’Amérique (Crocodylus acutus) et des espèces en danger comme l’atèle de Geoffroy (Ateles geoffroyi) et l’amphibien (Ptychohyla salvadorensis). Les populations du voisinage dépendent du site pour leur alimentation ainsi que pour la maîtrise des crues et l’épuration de l’eau. Parmi les principales menaces, on peut citer la pollution de l’eau, la surpêche et les changements dans les modes d’occupation des sols en raison de la présence de bétail, de la déforestation et des incendies forestiers.