Le Complexe des lacs Ambondro et Sirave présente une diversité d’habitats, notamment des lacs dunaires, des forêts de mangroves, des zones intertidales et des marais. Il entretient une diversité remarquable d’espèces telles que le sifaka ou propithèque de Verreaux (Propithecus verreauxi) et le lémur catta, deux espèces en danger ainsi que le lémur brun (Eulemur fulvus) quasi menacé. Il accueille aussi des oiseaux tels que le héron de Humblot (Ardea humbloti), le crabier blanc (Ardeola idae) et la sarcelle de Bernier (Anas bernieri), trois espèces en danger ainsi que le gravelot à bandeau noir (Charadrius thoracicus) vulnérable, et c’est un lieu de nidification important pour des oiseaux d’eau migrateurs tels que le bécasseau cocorli (Calidris ferruginea), le chevalier aboyeur (Tringa nebularia) et le grand gravelot (Charadrius hiaticula). Parmi les autres espèces inféodées au site, il y a le flamant rose qui contribue énormément à la valeur touristique des lieux. On trouve dans le site la plus grande forêt de mangroves de la région dont les ressources approvisionnent environ 90% de la population locale; les activités humaines comprennent l’agriculture, la pêche et la chasse.