Ce parc national se trouve dans l’État d’Amazonas, sur le cours inférieur du Rio Negro (le « Fleuve noir »), dans les forêts pluviales tropicales du bassin de l’Amazone. Avec un paysage de grande beauté, le site possède différentes formations forestières ainsi que des écosystèmes fluviaux et lacustres. Sur les îles du grand archipel d’Anavilhanas, dans le Rio Negro, 48 espèces d’oiseaux ont été recensées, de même que le margay (Leopardus wiedii) un petit félin, et le lamantin de l’Amazone (Trichechus inunguis), le plus grand herbivore d’eau douce d’Amérique du Sud, endémique du bassin de l’Amazone. Le Rio Negro est une voie de transport aquatique importante pour les communautés traditionnelle qui vivent le long de ses berges. Parmi les menaces exercées sur les ressources naturelles du site, il y a l’exploitation du bois sur les îles de l’archipel, la pêche commerciale, la chasse, le trafic d’animaux sauvages et l’exploitation du sable.