Située sur la côte nord-ouest de Madagascar, la Baie d’Ambaro fait partie du Canal du Mozambique, entre l’île de Nosy Faly et Port Saint-Louis. Le site se caractérise par de vastes peuplements de mangroves, là où les forêts rencontrent le littoral. La baie est une zone importante pour la biodiversité et abrite des plantes menacées et endémiques. Elle offre aussi un habitat où se nourrissent et se reproduisent des espèces animales menacées et endémiques. Sur les 99 espèces d’oiseaux, 44 sont spécifiques à la zone humide. Certaines sont menacées, notamment le pygargue de Madagascar (Haliaeetus vociferoides) en danger critique et le héron de Humblot (Ardea humbloti), le crabier blanc (Ardeola idae), la sarcelle de Bernier (Anas bernieri) et le vanga de Van Dam (Xenopirostris damii) qui sont en danger. Parmi les autres espèces remarquables, il y a des lémuriens menacés : le lémur noir (Eulemur macaco), l’hapalémur gris occidental (Hapalemur occidentalis) et le microcèbe du Sambirano (Microcebus sambiranensis) et des poissons tels que le mâchoiron malgache (Arius madagascariensis), la sardinelle queue noire (Sardinella melanura) et le poisson-verre de Commerson (Ambassis commersoni). Sept espèces de mangroves ont été recensées, dont deux espèces dominantes, Avicennia marina et Sonneratia alba. Elles jouent un rôle central pour les moyens d’existence locaux car elles soutiennent la pêche, l’agriculture et l’approvisionnement en eau. En outre, le système contribue de manière significative au piégeage du carbone et atténue les effets des changements climatiques en servant de tampon contre l’élévation du niveau de la mer, les vents violents et les tempêtes. Le développement urbain sauvage et la transformation des terres pour l’agriculture et la construction de logements, la coupe et le ramassage du bois, la surpêche et la surexploitation d’autres ressources aquatiques sont des menaces pour le site. Un plan de gestion couvrant une partie de la Baie d’Ambaro est en vigueur.