Laguna de Santiaguillo es el humedal más importante y representativo de la región de los valles de Durango, ya que comprende dos lagunas —una intermitente y otra permanente— que en conjunto representan el 80 % de la superficie total de los humedales del estado. Dado que es uno de los pocos recursos hídricos de esta región árida y semidesértica, el sitio es vital para el sistema hidrológico local y la regulación del clima. Constituye un lugar clave para la invernada de aves acuáticas migratorias que viajan desde las zonas de reproducción en Alaska y Canadá; alberga grandes poblaciones de patos, grullas y gansos. También proporciona zonas de anidación a especies de distribución restringida como el pato mexicano (Anas diazi) y a especies abundantes como el ánade rabudo (Anas acuta). Los abundantes rodales de espadaña (Typha latifolia) del sitio son especialmente importantes para estas aves. Las principales amenazas para el sitio son la sequía y la extracción de agua. En respuesta, el Programa de Manejo de Laguna de Santiaguillo incluye un subprograma de restauración destinado a detener el deterioro ambiental y restaurar las zonas afectadas mediante la participación de la comunidad.