El complejo es de particular relevancia por contener la única formación de arrecife entre México y Costa Rica. El sitio Ramsar, el cual también se ha designado como área natural protegida está constituido por una playa rocosa de origen volcánico, manglares, arrecifes coralinos, y aguas abiertas. En el sitio, ecosistemas amenazados como los manglares brindan refugio y hábitat para especies amenazadas como el pepino de mar (Isostichopus fuscus) y vulnerables como la Tortuga laúd (Dermochelys coriacea) y el Caballito de mar del pacifico (Hippocampus ingens). El complejo los Cobanos sirve de sitio de anidación para la Tortuga carey (Eretmochelys imbricata), una especie de tortuga marina en peligro crítico de extinción. Es, además, el único lugar en El Salvador donde ocurren corales formadores de arrecife (Porites lobata). El sitio controla inundaciones y retiene sedimentos y materiales tóxicos acarreados principalmente por los ríos cercanos. El bosque de manglar sirve como barrera rompe vientos y contribuye a la fijación de carbono. Entre las principales amenazas para el sitio se encuentra la presencia de asentamientos humanos no autorizados.