Le complexe est particulièrement important car il présente la seule formation de récifs coralliens entre le Mexique et le Costa Rica. Le site Ramsar, également inscrit comme zone naturelle protégée, se compose d’une plage rocheuse d’origine volcanique, de mangroves, de récifs coralliens et d’eaux libres. Sur le site, des écosystèmes menacés tels que les mangroves fournissent abri et habitat à des espèces classées En danger telles que l’holothurie Isostichopus fuscus, et des espèces classées Vulnérables telles que la tortue luth (Dermochelys coriacea) et l’hippocampe Hippocampus ingens. Los Cobanos est également un site de ponte de la tortue imbriquée (Eretmochelys imbricate) classée En danger critique d’extinction. C’est le seul endroit au Salvador où l’on trouve le corail Porites lobata. Le site permet le contrôle des inondations tout en retenant les sédiments et les matières toxiques transportés principalement par les cours d’eau qui s’y jettent. La mangrove joue un rôle de barrière coupe-vent et de puits de carbone. L’une des principales menaces pesant sur le site est la présence d’établissements humains non autorisés.