Le site se trouve à l’extrémité nord-ouest du Bénin et c’est un des écosystèmes de zones humides les plus importants de l’Afrique de l’Ouest subsaharienne. Il comprend des forêts-galeries, la savane et des prairies marécageuses, des plaines alluviales, des mares, des rivières et des forêts denses sèches au sein des plaines d’inondation. Ce mélange d’habitats accueille des espèces menacées comme l’éléphant d’Afrique, le guépard et de nombreuses espèces d’oiseaux, notamment la grue couronnée  Balearica pavonina. Les mares retiennent l’eau en saison sèche, attirant animaux et touristes, et le site joue un rôle important pour la rétention des sédiments et la stabilisation des berges de la rivière Pendjari. Les communautés locales jouissent d’un droit d’usage coutumier sur les ressources naturelles et leurs activités principales sont l’agriculture, l’élevage, la pêche et la chasse. Les anciennes zones de travail du fer témoignent de la valeur historique et archéologique du site. Les habitats des espèces sauvages sont menacés par les pressions démographiques qui ont entraîné le déclassement partiel de l’aire protégée. Cependant, un plan de gestion et d’aménagement du territoire participatif a été conçu pour le site ainsi qu’un plan d’activité destiné à promouvoir le tourisme durable. Le site a été agrandi en 2018 de 144 774 ha à 483 366 ha, avec la création du Site Ramsar transfrontalier W-Arly-Pendjari que se partagent le Bénin, le Burkina Faso et le Niger.