Le site est constitué des confluents de la Loire, du Thouet, de la Vienne, de l’Indre et du Cher. Caractérisé par la présence de milieux humides variés, dont des lits de rivières, des plages de sable, des prairies de plaines d’inondation et des vasières, il participe à la survie et au développement de nombreuses espèces menacées, dont l’étoile d’eau (Damasonium alisma) et la vipère aspic (Vipera aspis), toutes deux classées vulnérables à l’échelle internationale. La grande alose (Alosa alosa), une espèce en danger critique, emprunte le site en période de migration. La zone humide abrite régulièrement quelque 49 000 oiseaux aquatiques, dont la cigogne noire (Ciconia nigra), et environ 10 % des balbuzards pêcheurs (Pandion haliaetus) en France métropolitaine. Il abrite également une proportion importante de la population mondiale du Bréphode du tremble (Archiearis notha), qui vient s’y reproduire. Le site fournit de nombreux services écosystémiques, notamment en ce qui concerne le cycle des nutriments et le matériel génétique nécessaire à la fabrication de médicaments.